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​​​​​​​​Tras su muerte se vivieron meses de tensiones dentro del partido, existían dos bandos: el que rodeaba el círculo del periódico Euskalduna formado por los nacionalistas más moderados y el de los jeltzales, los más fieles a Arana, contrarios a la monarquía y a favor de la independencia del pueblo vasco. En diciembre de 1904 Ángel Zabala, el sucesor nombrado por Arana, apoyado por su también hermano Luis Arana, redactó el borrador del programa y organización del Partido Nacionalista Vasco. Este mismo año,  Engracio Aranzadi abrió el primer Centro Vasco (Batzoki) en San Sebastián. En 1908 Luis Arana fue nombrado presidente del Partido. En 1911 nace en Bilbao el sindicato Solidaridad de Obreros Vascos, que en 1933 cambiaría su nombre por el de Eusko Langileen Alkartasuna-Solidaridad de Trabajadores Vascos (ELA-STV). En 1913 el PNV pasó a llamarse Comunión Nacionalista Vasca (CNV), aunque el cambio no se formalizó oficialmente hasta los nuevos estatutos de 1916. El 13 de septiembre de 1923 el golpe de Estado del General Primo de Rivera acabó con la Restauración ​e implantó un régimen dictatorial, que supuso un gran cambio en la actividad del nacionalismo vasco hasta 1930. El general quería terminar con las ideas independentistas y apoyar un sano regionalismo compatible con la unidad de España. En los años que duró esta dictadura (1923-1931) el PNV y CNV amansaron sus disputas políticas debido a la suspensión de la vida activa del partido. Para el PNV el régimen democrático que supuso la Segunda

 República significaba una oportunidad para avanzar hacia la construcción de la nación vasca y de obtener un Estatuto de Autonomía. 

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La Guerra Civil y sus consecuencias

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En 1936 estalla la Guerra Civil y el PNV intentó conciliar su catolicismo y su postura a favor de la continuidad de la republica. En marzo de 1937 las  fuerzas franquistas iniciaron su ofensiva sobre Vizcaya, el hecho más dramático fue el bombardeo de Guernica el 26 de abril por la aviación alemana e italiana, que se cobró la vida de más de 1.600 personas además de dejar la localidad totalmente derruida.